Cuando abres una carpeta desde Windows, es muy útil poder abrir uno de esos archivos o incluso toda la carpeta directamente en Atom sin tener que primero abrir Atom y luego buscar ese archivo o carpeta.

Si has instalado Atom en tu computadora con Windows, quizá no ves una pantalla como la anterior cuando haces clic derecho sobre una carpeta o un archivo. Y es porque de forma predeterminada esta opción está desactivada.
Para poder activar esta opción, debes ingresar a las opciones de Atom

Luego seleccionas System y marcas estas dos opciones.

Listo!, no necesitas presionar algún botón de aceptar o algo así, los cambios son aplicados de inmediato y ahora ya puedes ver el menú contextual Abrir con Atom desde el explorador de archivos de Windows.